В 1965 году принял крещение. С 1967 по 1968 год работал переводчиком в Госконцерте. С 1971 по 1975 год работал в Загранпатенте при комитете по изобретениям СССР. С 1974 года по 1976 год прислуживал в московском храме Рождества Иоанна Предтечи на Пресне. Именно в период пономарства в этом храме, настоятелем которого был протоиерей Николай Ситников, Александр Шаргунов окончательно определил свой дальнейший путь.

В 1976 году, сдав экзамены за 1-й и 2-й классы, был принят в 3-й класс Московской духовной семинарии. По окончании 3-го класса сдал экзамены за 4-й класс и был принят на 1-й курс академии в 1977 году. 27 марта 1977 года был рукоположён в сан диакона, а 21 мая того же года и в сан священника. В 1978 года под давлением жизненных обстоятельств, прежде всего пастырского служения, перевёлся на заочное обучение. Служил в храме во имя иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радосте» на Большой Ордынке. В 1982 году окончил Московскую духовную академию со степенью кандидата богословия, защитив диссертацию на тему: «Догмат в христианской жизни».

В 1986 году был возведён в сан протоиерея. С 1 сентября 1989 года – преподаватель Московской духовной академии и семинарии. В эти годы он преподаёт Священное Писание и одновременно занимается активной общественной деятельностью. Был сторонником канонизации Николая II и его семьи, критиковал «сергианство» и советскую власть. В 1991 году назначен настоятелем старинного храма во имя святителя Николая Чудотворца в Пыжах. 1 февраля 1992 года уволен из МДАиС «в связи с пастырским служением». Однако после освобождения от должности ректора епископа Филарета (Карагодина) 1 сентября 1992 года восстановлен в должности преподавателя Священного Писания Нового Завета в Московской духовной академии и семинарии.

Резко обличал расстрел парламента в октябре 1993 года. В апреле 1994 года создает Общественный комитет «За нравственное возрождение Отечества» и занимает в нем пост председателя (члены – писатели Валентин Распутин, Владимир Крупин, Василий Белов, певица Лиина Мкртчян и другие общественные деятели; заместитель председателя – священник РПЦЗ (позднее РПЦЗ(В)) Стефан Красовицкий). Отец Александр регулярно выступает с проповедями на православном радио «Радонеж», в журнале «Русский Дом» отвечает на письма читателей, является составителем шести сборников «Чудеса Царственных мучеников», автором многочисленных книг. 7 апреля 2012 года удостоен права ношения митры.